GridView (ASP.NET) のデータに書式を設定するには、 DataFormatString プロパティを使用します。
たとえば、数値を 3 桁区切りで表示するには、以下のように設定します。ポイントは、 HtmlEncode 属性を False にすることです。
<asp:BoundField HeaderText="Sum" DataField="Sum" DataFormatString="{0:N0}" HtmlEncode="False" />
構文などの詳細は MSDN を参照してください。